从《密室》时期开始，哈利在校外使用魔法而惹上麻烦的第一个例子——这是《哈利·波特》系列中魔法部首次对哈利做出的回应。但是，在《死亡圣器》的后面，哈利惊讶地发现，魔法部只能发现麻瓜出身的学生在校外使用魔法的情况。
这就意味着，不管是谁，只要在德思礼家附近使用魔法，哈利就会背锅，这几乎不会有任何反驳的余地。
所以当时哈利波特内心深处的声音想必是：****！
可想而知，任何成年巫师都有可能来拜访大名鼎鼎的哈利·波特，甚至是费格太太的任何一位巫师亲戚也会出现在附近。当然了，这种可能性或者根本就无关紧要，如果这真的是一个有意义的规定，那这个判定系统绝对太不合理了，否则它的存在只能说是为了推动情节发展。
另外就是身为部门负责人的亚瑟·韦斯莱的办公室没有理由这么小。
当哈利第一次来到魔法部时，他看到了亚瑟·韦斯莱的办公室，而且惊讶地发现这间办公室几乎就一个衣橱大小。这说明亚瑟在魔法部的地位不高，也说明了魔法部有明显的等级差别存在。
但即使作为一个较低级别的员工，亚瑟甘于在这么小的办公室里也是令人奇怪的。在魔法世界里，时间和空间其实都很灵活，就像韦斯莱一家的小露营帐篷，里面充满了很大的空间一样，只要挥一挥魔杖，亚瑟就可以给自己更多的空间，不过，这样观众也许就理解不到他受的这种待遇了。
又或者说......魔法部有那些明文规定，不允许使用那么的魔法扩大自己的办公室空间呢！
另外毁掉时间转换器是过于简单的情节修复
在《阿兹卡班的囚徒》中，哈利知道了时间转换器的存在，他和赫敏用它回到了过去，拯救了小天狼星和巴克比克。但问题是，这个小工具甚至可以解决此后的所有冲突，之后这个神器在凤凰社的神秘事务司把它们都毁掉了。
即使有了这个修复情节的环节，但关于之前使用时间转换器的一些事情也说不通。首先，它一直是被锁起来防止使用的，按道理魔法部对此一直持谨慎态度，但最后学校怎么会让一个十三岁的女孩自由使用，这不可理解。其次，当魔法部的时间转换器都被销毁时，人们普遍认为不可能再有其他转换器存在，但在《被诅咒的孩子》中，阿不思·波特和斯科皮厄斯·马尔福奇迹般地又找到了一个尚未被毁坏的时间转化前，这似乎是整个情节中又一个重要的bug。
在《哈利·波特》的魔法世界里，几乎所有的职业都包含在魔法部之内，属于例外的主要是商店经营，比如弗雷德和乔治韦斯莱的魔法商店，或者奥利凡德先生的魔杖店，除此之外，几乎别无选择，只能为魔法部工作。
这意味着大部分巫师经济直接来自魔法部。此外，在经历了第一次巫师战争那样的巨大损失之后，魔法部就很难维持下去了，这也可能是伏地魔能够轻松接管的部分原因，但这个系统即使在形势好的时候似乎也很难持续发挥作用。
巫师的法律体系失败是所有问题的核心关键！
在《阿兹卡班的囚徒》中，哈利得知了小天狼星布莱克，他的不幸在《哈利波特》中得到了总结，因为一项被污蔑的罪行，他在监狱里呆了几年。第二年，他看到一个食死徒竟然被释放了，这是因为他供出了几个名字。最后，在《凤凰社》中，哈利自己身处魔法法庭，亲眼目睹了魔法司法系统的混乱。
有了魔法的支配，魔法部本应该能比一个普通的司法系统管理得更好，但如果威森加摩想把哈利扔进阿兹卡班，或者邓布利多没有出现，哈利或将无力逃脱他们不公正的审判。
换言之，如果把主角哈利换成了纳威，结果可想而知.....
另外就是当前最让外界诟病的摄魂怪的问题！
邓布利多等巫师坚决认为摄魂怪不可信任，事实证明他是对的。这些生物是由纯粹的痛苦制造出来的，它们唯一的兴趣就是利用受害者的恐惧。而他们倒向伏地魔一边，这本来也不应该奇怪。