此后，他表示希望参加精武军的意思后，经过皇帝特批，就去了北京，加入了精武军的序列，不过，他并没有直接领兵，而是先进了黄埔军校北京分校，经过了一段时间的高级军官的短期培训，接受了很多近代战争的作战理念，并学习了国外欧洲的发展历史以及当前的世界形势。
这让石达开大开眼界，让他明白以前的自己不过是个井底之蛙，他那些引以为傲的战争，在近现代武器与训练的部队面前，根本就上不得台面，而他以前在国内打的那些胜仗，在世界列强动辄几万几十万的大会战比起来，更是如同顽童打架一样可笑。
也就是在那个时候，国家主义与民族主义的幼苗开始慢慢生根发芽，同时他也更加虚心的学习军校里的那些知识，不再如一开始那样，知识为了韬光隐晦。
从这一点上可以看出，石达开的心胸气魄的确要比陈玉成更广一点，要知道，石达开是完全放弃一切权力，才可以直接进入黄埔军校的北京分校学习。而陈玉成当时虽然也在北京军区，但却是继续带领部分自家老兄弟，以国防军的名义在活动。
表面看来当时的陈玉成混得似乎更好，但陈玉成既然是收编的国防军，就没时间也没资格进入军校学习，也就无法学得更多新知识。
或者说，尽管陈玉成也知道了不少洋务的知识，但跟石达开所学比起来，那就差远了。
最关键的是，石达开功夫了得。写字也不错，而且名气大，为人也谦和，很快就在北京分校脱颖而出，加上皇帝李永吉一直很注意他，在听说他后来的变化后，果断开始让人重点培养他。
再后来，等李永吉决心伐清的时候，虽然第二路军的总指挥给了冯子才。但第二路军的参谋长却给了石达开，表面看来冯子才是这支部队的老大，但实际上最锻炼人的却是参谋长，因为总指挥只负责怎么打。具体怎么打，还有后勤保障，人员安排等一系列问题，都要参谋长去负责。
石达开也很珍惜这个机会。当了参谋长之后，绝口不提以前的事情，只是一心顺着冯子才。不知道的还以为换了个人，却不知道石达开这是浴火重生，光芒内敛，相比过去，已经变的更加成熟。
可以这么说，在战争谋略方面，身经百战的石达开一点也不缺乏，他缺乏的只是现代军队的基本素养，一旦把这些补充齐全了，性格再变沉稳下来，那将来的成就真的就不可限量了，就算再次封王也未尝不可。
不说冯子才与石达开，单说那名太监回去禀报了慈禧太后之后，慈禧先是怒气勃发，砸烂了不知道多少花瓶茶碗，可发泄过后，却又害怕起来，害怕逆了对方的意思，对方真的不给自己留活路。
忐忑啊忐忑，一夜没睡之后，当听说有部队偷偷出城投降后，慈禧终于作出决定，无条件投降，把一切都交给别人。
就这样，慈禧急忙让自己儿子退位，然后亲自带着儿子出城，哭哭啼啼的向冯子才所率领的二路北伐军投降，用一副孤儿寡母的形象示人，倒是也取得了不少同情分，让冯子才也心情一软，同意让他们继续暂时居住在皇宫之中，帝**不会打扰，至于他们今后何去何从，都交给陛下来决定。
就这样，冯子才带领的地二路北伐军，不费一枪一弹，就顺利的拿下了奉天城，然后大军开进奉天城，全面接收了这座城市。
奉天城一下，再加上满清皇帝下了退位诏书，因此这场伐清战役已经可以说是圆满完成了，剩下的，无非就是派人去通知一下还在激战中的锦州城，让锦州城的恭亲王奕?也接受既成事实就好。
换言之，这种情况就类似当年的灭蜀之战，后方国都已经灭亡，皇帝也宣布退位，国都没了，前方姜维再能打，也没有意义了。
“王爷，事已至此，已经够了。”文祥疲惫的对恭亲王奕?道，“我们坚持了这么久，已经足够了。”
“是啊，你说的对，已经足够了。”一身戎装的恭亲王奕?捏了捏拳头，这才慢慢的闭上了布满血丝的眼睛，忽然，又重新睁开，“但是，不甘心啊，真的不甘心。为什么奉天城就不能坚持一下？如今已然入冬，只要天气再冷下去，敌军疲惫，必然不能久战，早晚要退兵，为什么他们就不能再坚持一下呢？”
“王爷。”文祥叹了口气，“就算能坚持又能如何？我们能熬得住这一次，难道还能一直熬下去么？或者说，就算我们能赢这一次，呃下一次，下下一次呢？那中华帝国依然占据了中原正统，地大物博，兵力雄厚，无论兵力人力还是财力，都十倍于我，我们哪里是他们的对手？
换了别人或许还有可能，但那李永吉心高气傲，性格坚毅，既然要跟我们打，那就是铁了心的打，如此下去，我们终归还是要败的。”
“我知道我们挡不住。”恭亲王奕?道，“我也知道我们最终会败，但胜利一场的话，起码能获得一点更高的待遇，断然不会像如今这样……哎，早知道如此，当初又何必修城呢？”
“王爷……”
“二百多年的祖宗基业啊！”恭亲王奕?泪流满面，“可恨，就要毁在我等之手！”
“哎，王爷节哀。”文祥也有些低落，“不过，这就是命吧。我想过了，虽然先皇有不少错，不过就算他不犯那些错，这江山易手也是早晚。王爷您还看不破么？那李永吉的实力太大，根本就不是我们能挡得住的，无论当年我们用何种方法，他都会反，顶多是一个早晚罢了。”
“我知道。”恭亲王奕?再次闭上了眼睛。
看到他不说话，文祥张了张嘴，终于还是劝道：“王爷，如今汉人势大，不如我们先行服软，以后再寻找机会……”
“机会？我们还有机会么？别再自欺欺人了。”流着泪的奕?忽然笑了起来，“算了，降了吧，我们已经尽力了，真的，至少我已经尽力了，然而……天命如此，如之奈何啊。”
就这样，1861年12月1日，也就是奉天城无条件投降的第五天，锦州城也宣布无条件投降。
至此，大清帝国全面覆灭，正式的成了一个历史名词。
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