俘虏放回去三日之后，城门并没有打开。国王和贵族并不相信俘虏们的话，或者说他们不愿意交出权力。在朱清看来，既然特诺奇提特兰城不肯自动投降，那么就不要怪自己动用武力了。之所以要铲除阿兹特克势力，并不是因为他们攻打新蜀州，也不是因为城中财富。在阿兹特克对残酷压榨下，各部族过得猪狗不如，却让特诺奇提特兰城积累了天量的财富。更惨无人道的是，他们每年要屠杀上千上万的人血祭 。
朱清得到消息是，城中的仓库之中，玉米、土豆、苋菜等粮食堆积如山，棉布等织物也数量众多，此外还有武器仓库、金银仓库和宝石矿物仓库。朱清已经承诺，粮食、织物及武器全部分给随征的各部落，金银宝石则归新蜀州。事实上，那些随征的部落对探险队员所用的铁制刀剑和工具更感兴趣。朱清已答应他们，战后，各部落可以用金银来换取铁制品。
虽然小炮的威力不大，但十门齐射的声势也着实不小。朱清眼见城门不开，便命令进行集火射击以壮声势力。硝烟过后，特诺奇提特兰城墙上的阿兹特克人都如中了魔怔，有的呆在原地，有的跪伏在地，还有的转身便逃之夭夭。朱清正欲下令攻城，却发现已方的土著盟友士兵也趴伏在地上，个个脸色苍白浑身颤栗。虽然已经见识过火炮的威力，但此次近距离轰击，仍然极大震憾了他们。神使召唤的法术实在太强了。
缓过神后，土著盟友士兵用长梯和绳索攀上了特诺奇提特兰城的城墙，并打开了城门。这种原始的攻城方式要是放在宋蒙战场，那无异于送人头。城门一开，大军顺着长堤源源不断攻入了城内。在此过程中，大部分阿兹特克人仍呆若木鸡，并没有进行激烈的抵抗。那些放回来的贵族宣称城外大军乃是神使所率，是替神来拿回自己的权力，他们本半信半疑。如今神使已展示的电闪雷鸣的法术，正与传说中的一模一样。
阿兹特克人极度尚武，但攻城大军进展却异常顺利。事实上，特诺奇提特兰城中士兵不管在数量还是武器上都超过攻城的军队。朱清所带的百余人虽然武器先进，但毕竟人员太少，对战局并不会起决定性的作用。真正阿兹特克人兵败如山倒的，是其精神脊梁被打断了。为了摧毁他们的战斗意志，朱清让人将火炮搬到了城墙之上瞄准城中开火。小炮的射程有限，炮弹皆落入湖中。但正是巨大的声响和冲天的水花，让大部分阿兹特克士兵抛下武器，趴伏在路边，恭迎神使的到来。
朱清放将俘虏中的阿兹特克贵族放回去时，不少人担心是放虎归山，事实证明这些担心是多余的。实际上，正是放回去的贵族加速了战事的进程。阿兹特克国王和贵族都居住在城中的一个小岛之上，又有上千名精锐武士的守卫，要拿下此地也是极难。他们对于被俘贵族关于神使到来的话半信半疑，最终商议的结果观察两日再作决定。
国王的决定惹恼了释放回来的贵族。在他们看来，国王的这个行为无疑是亵神，会给整个阿兹特克人带来灭族之灾。当下他们便暴起发难，用国王和祭祀的血献祭了神。饶是朱清见多识广，当走进阿兹特克王宫之时，也被惊呆了。他惊愕地不是死尸遍地，也不是因阿兹贵族因内讧而死伤殆尽，而是看到死去的人皆被挖心破肚，就连国王也不例外。阿兹特克剩下为数不多的贵族，不少人还坐在鲜血之中，大口啖着心脏。